Фамилия Мерчензон — редкий для России пример фамилии на -зон, которая указывает на немецкое или еврейское (ашкеназское) происхождение. В русской среде такая модель образования почти не встречается, и носители фамилии, скорее всего, появились в Российской империи в результате миграции из немецких княжеств или из черты оседлости.

Основа фамилии — «Мерчен» — не имеет прямого значения в русском языке. Наиболее вероятная версия: это искажённая или адаптированная на слух фамилия Mertschen или Mertzen, которая восходит к немецкому имени Mertin (диалектная форма от Martin). Суффикс -зон в немецких и еврейских фамилиях часто означал «сын» (аналог славянского -ов/-ев), то есть Мерчензон — «сын Мерчена». В еврейской традиции фамилии на -зон, -сон, -зонт нередко давали по имени отца, и Мерчен могло быть формой имени Марк или Мордехай в идише.

Вторая, менее правдоподобная версия связывает основу с немецким словом Mertsch (диалектное «купец», «торговец»). Тогда фамилия указывала бы на род занятий: «сын торговца». Однако в немецких говорах это слово редкое, и закрепиться в фамилии оно могло только в узколокальной среде, что делает эту гипотезу слабой.

Географически фамилия Мерчензон фиксируется в документах конца XIX — начала XX века на территориях современных Украины, Беларуси и Прибалтики, где были распространены немецкие колонии и еврейские местечки. Встречается она и среди переселенцев в США, куда носители уезжали в 1880–1910-х годах.

Словообразовательно фамилия не вписывается в русскую модель: суффикс -зон чужд славянской ономастике, поэтому её носители в России — потомки либо немецких колонистов, либо еврейских семей, получивших фамилию при обязательной паспортизации в XIX веке. В любом случае, Мерчензон — яркий пример фамилии-маркера, по которой можно проследить путь предков из Центральной Европы на восток.