Фамилия Мерескина — женская форма, а её мужской вариант — Мерескин. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Мереска. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Мерескин буквально значит «сын Мерески» или «человек из семьи Мерески».

Само слово «мереска» в русских говорах имеет несколько значений, и разобраться, какое из них легло в основу фамилии, помогает география и контекст. В северных и сибирских диалектах мереской называли мелкую рыбёшку, чаще всего снетка или мойву. Прозвище Мереска могли дать невысокому, юркому человеку или, наоборот, рыбаку, промышлявшему этой рыбой. В южнорусских областях, особенно в рязанских и тамбовских говорах, «мереска» означала «морось», «мелкий дождь» — так могли прозвать человека, который постоянно ходил хмурым или, по народной примете, родился в ненастье.

Второй, менее распространённый вариант — связь с диалектным глаголом «мерескать» (мерцать, поблёскивать). В этом случае прозвище могло относиться к человеку с быстрым взглядом или непостоянным нравом. Однако первый вариант — от названия рыбы — выглядит более правдоподобным: он типичен для модели русских прозвищных фамилий (сравните: Ершов, Окунев, Карасёв). Фамилия Мерескин встречается преимущественно в Поволжье и на севере европейской части России, что совпадает с ареалом распространения слова «мереска» в значении «рыба». В дореволюционных переписях носители этой фамилии чаще всего числились крестьянами или мещанами.