Фамилия Мергаут — редкий случай, когда носитель немецкого корня получил русское окончание. Её основа, Merk-, восходит к немецкому личному имени Марк или к глаголу merken («замечать, примечать»). В южнонемецких диалектах встречается фамилия Mergaut, где -gaut — вариант более распространённого -hard (крепкий, смелый). То есть Мергаут могло означать «заметный, примечательный человек» или «крепкий, как Марк».

На русской почве фамилия получила нулевое окончание — характерный признак для фамилий немецкого происхождения, которые не стали адаптировать через суффиксы -ов или -ин. Такое могли принести переселенцы из Германии в XVIII–XIX веках: колонисты, приглашённые Екатериной II, оседали в Поволжье, на юге Украины, в Причерноморье. Там фамилия могла закрепиться без изменений, так как в немецких общинах долго сохраняли язык и написание.

Версия о славянском происхождении маловероятна: корень «мерг» отсутствует в русских говорах, а суффикс -аут нехарактерен для восточнославянского словообразования. Если бы фамилия возникла от прозвища, её бы оформили как Мергаутов или Мергаутин. Нулевое окончание выдает иноязычное заимствование.

Встречаются единичные носители в России и на Украине, но фамилия остаётся редкой. В Германии варианты Mergaut, Merkaut фиксируются в Баварии и Баден-Вюртемберге — оттуда, скорее всего, и выехали предки. Социальный статус первых носителей — скорее ремесленники или крестьяне, а не дворяне: фамилия не попала в родословные книги.

Если ваши предки носили Мергаут, стоит искать следы в метрических книгах лютеранских приходов Поволжья или в списках немецких колонистов. Там фамилия могла записываться через «е» или «ё» — Мергаут или Мёргаут, а в документах на латинице — Mergaut.