Фамилия Мэрлино — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В русской традиции фамилии на -ино (ударение на последний слог, как у Долгоруково) обычно указывают на принадлежность к месту или роду, но здесь основа «Мэрл» чужда восточнославянской лексике. Гораздо логичнее предположить, что перед нами итальянизированная или испанизированная фамилия, пришедшая в Россию через иммиграцию, искусство или торговлю.

Корень «Мэрл» (итал. Merlo, исп. Merlo) восходит к латинскому merula — «чёрный дрозд». В итальянском языке merlo — это и птица, и, в переносном смысле, простак или доверчивый человек (как в русском «простофиля»). В Испании фамилия Мерло встречается как топонимическая — от города Мерло в провинции Леон. Окончание -ино в русском написании могло возникнуть при адаптации: итальянское Merlino (уменьшительное от Merlo) или испанское Merlino (с тем же суффиксом) при записи в российских документах получило характерное -о. Вариант «Мэрлино» с буквой «э» — скорее всего, результат поздней транслитерации через французский или немецкий (Mérlineau, Merlin), где звук «э» закрепился в произношении.

Версия о связи с именем Мерлин (волшебник из артуровского цикла) менее вероятна для русской фамилии: валлийское Myrddin транслитерируется обычно как «Мерлин», а не «Мэрлино». Если же носитель — потомок выходцев из Италии, то предок мог быть прозван за голос (звонкий, как у дрозда), за профессию (ловец птиц) или за характер. Встречается Merlino и как еврейская фамилия (сефардская), но там скорее топонимический след от местечка Мерлин в Польше или Литве — однако в этом случае написание было бы «Мерлино» через «е».

Таким образом, фамилия Мэрлино в России — почти наверняка привозная, с южноевропейскими корнями. Её носители могли быть итальянскими архитекторами, художниками или музыкантами, приглашёнными в Россию в XVIII–XIX веках, либо потомками испанских переселенцев. Точную этимологию можно установить только по семейным архивам, но без сомнения, это не крестьянская фамилия из русского села — её происхождение лежит в другом языке и культуре.