Фамилия Месмер является вариантом фамилия Меснер (Месснер). В свою очередь, фамилия Месснер (Месснер) образована от аналогичного прозвища. Оно берет начало от германского нарицательного mesnære. В старину так называли пономаря, церковного старосту и служку. Вероятно, именование Меснер (Месснер) относится к профессиональным и указывает на род занятий человека. Среди известных однофамильцев можно назвать австрийского врача Франца Антона Месмера.