Фамилия Метсакон — редкий случай, когда происхождение почти наверняка не русское, а финно-угорское, и при этом прозрачное для этимологии. Основа здесь — эстонское или финское слово «metsä» (лес). В эстонском «mets» означает «лес», в финском «metsä» — то же самое. Вторая часть «-kon» — это, скорее всего, искажённый или адаптированный суффикс, который в эстонских фамилиях часто передаёт принадлежность или происхождение (сравните с фамилиями типа Метс, Метса, Метсала). Получается, что Метсакон — это «лесной человек» или «тот, кто из леса».

Такая фамилия могла возникнуть в среде прибалтийских финнов (эстонцев, ижор, води) или карелов, живших в лесной местности и занимавшихся подсечным земледелием, охотой или лесным промыслом. В Российской империи, особенно в Санкт-Петербургской губернии и на территории современной Эстонии, фамилии на «-он» не редкость — они образовывались от прозвищ, связанных с местом жительства. В отличие от русских фамилий на «-ов» или «-ин», эта модель сохраняет прозрачную связь с природным объектом.

Интересно, что в русском языке фамилия могла получить окончание «-ов» (Метсаков) или остаться без изменений, как застывшая форма. Метсакон — это именно неадаптированный вариант, который сохранил исходное финно-угорское звучание. Если предки носили такую фамилию, они, вероятно, жили в лесной глуши, возможно, в Ингерманландии или на севере Эстонии, где фамилии часто давались по урочищам или природным приметам.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она фиксируется единично, в основном в России, Эстонии и Финляндии. Никаких известных дворянских родов или исторических деятелей под этой фамилией не зафиксировано — это чисто крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не от имени, а от места.