Фамилия Метснийн — редкий случай, когда написание подсказывает географию лучше, чем корень. Двойная «нн» на конце и суффикс -ий- выдают фамилию, образованную по модели прибалтийско-немецких или эстонских фамилий, которые адаптировали к русской письменности. Основа здесь — «Метс». В эстонском языке mets означает «лес». Фамилия Метснийн, скорее всего, родилась как русифицированная форма эстонской фамилии Метс или её производного Метсманн (лесник, лесной человек). В остзейских губерниях Российской империи (Эстляндия, Лифляндия) такие фамилии фиксировали по месту жительства или роду занятий: предок мог жить у леса, работать лесником или владеть лесным участком.

Двойное «нн» и окончание -ий- — типичный способ адаптации немецких и эстонских фамилий в русской среде. Сравните: Ланге — Лангий, Шмидт — Шмидтий, Крузенштерн — Крузенштерний. В канцеляриях XIX века, когда крестьян и мещан вносили в реестры, писарь часто добавлял русский суффикс, чтобы фамилия склонялась по падежам. Так эстонский «лес» превратился в Метснийн — звучит почти как польская фамилия, но корень выдаёт балтийское происхождение.

Встречается эта фамилия в основном на северо-западе России: в Ленинградской и Псковской областях, а также в Эстонии среди русскоязычного населения. Встречается и вариант Метснин — с одним «н», но это описка или упрощение при записи. Сословная принадлежность носителей — скорее всего, крестьяне или мещане, так как дворянские эстляндские фамилии обычно сохраняли немецкое написание без «-ий» (Метсман, Метс).

Если ваш предок носил фамилию Метснийн, он с высокой вероятностью жил на границе русской и эстонской культур, а сама фамилия — это не прозвище по характеру, а точная примета места: лес.