Фамилия Мейснер почти наверняка восходит к немецкому слову Mesner — так в католических и протестантских общинах называли церковного служителя, в обязанности которого входили присмотр за ризницей, подготовка храма к богослужению и помощь священнику. На русский язык это слово обычно переводят как «пономарь» или «ризничий». Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, сам занимал эту должность или происходил из семьи, где она передавалась по наследству.

Интересно, что в немецком языке слово Mesner имеет региональные варианты: на юге Германии и в Австрии чаще говорили Mesner, а на севере — Küster. Фамилия Мейснер закрепилась именно в южнонемецкой форме, что указывает на вероятное происхождение рода из Баварии, Швабии или австрийских земель. Встречается и вариант написания Meissner, но он чаще связан с топонимом Майсен (Meißen) в Саксонии и образует отдельную, хотя и созвучную, фамилию.

Словообразовательная модель проста: к основе Mesner добавили типичный немецкий фамильный суффикс, обозначающий принадлежность. В данном случае сама основа уже была готова для использования в качестве фамилии без дополнительных изменений, что характерно для многих немецких профессиональных прозвищ. Подобным образом возникли фамилии Мюллер (мельник), Шнайдер (портной) или Шмидт (кузнец) — все они прямо называют занятие предка.

Среди известных носителей фамилии — Альфред Мейснер (1822–1885), немецко-чешский писатель, поэт и публицист. Он родился в Праге, писал на немецком языке и был заметной фигурой в литературной жизни Богемии середины XIX века. Его творчество относят к периоду «предмартовской» литературы, когда немецкоязычные авторы из Чехии активно обсуждали вопросы национальной идентичности и социальной справедливости.

В России фамилия Мейснер встречается среди потомков немецких колонистов, переселявшихся в Поволжье и на юг империи в XVIII–XIX веках, а также среди обрусевших выходцев из немецких земель. В документах XIX века написание часто варьировалось: Мейснер, Мейзнер, Майснер — что отражает особенности передачи немецких звуков на письме. Сегодня носители фамилии живут по всему миру, но историческое ядро рода по-прежнему связано с немецкоязычным пространством Центральной Европы.