Фамилия Майснер — немецкая, и её происхождение напрямую связано с географическим названием. В основе лежит имя города Майсен (Meissen) в Саксонии. Город был основан в 929 году на месте славянского поселения Мисни, которое ещё до прихода немцев славилось производством прочной льняной ткани. Поэтому фамилия могла указывать не только на выходца из Майсена, но и на ремесленника, торговавшего или изготавливавшего льняное полотно.

В русском контексте фамилия Майснер встречается у потомков немецких колонистов, приглашённых в Россию в XVIII веке. Одно из таких семейств, по данным исторических документов, происходило из поволжской колонии Гримм. Основоположником этой ветви считается Михаэль Майснер, впервые упомянутый в 1694 году. Это делает фамилию частью истории российских немцев, сохранивших немецкую основу без русификации суффиксами вроде -ов или -ин.

Среди известных носителей — кардинал Иоахим Майснер (1933–2017), занимавший пост архиепископа Кёльна. Его биография показывает, что фамилия сохранилась в высших кругах католической церкви. В отличие от многих немецких фамилий, Майснер не имеет сословной привязки: её носили и ремесленники, и духовенство, что говорит о широком распространении топонимических прозвищ в немецкой среде.