Фамилия Майстнер — это, скорее всего, не самостоятельное образование, а один из вариантов фамилии Местнер. В русском языке такое чередование гласных («а» вместо «е») часто возникало при записи иноязычной фамилии на слух: люди слышали и писали по-разному, так что обе формы могли закрепиться за одной семьёй.

Основа у обеих фамилий одна — германское слово meste, которое в старых диалектах означало «мера объёма». Суффикс «-ер» в этой модели (как в немецком Bäcker — пекарь, Lehrer — учитель) указывает на деятеля, то есть на человека, который с этой мерой работал. Так что прозвище Местнер (а значит, и Майстнер) было профессиональным: его давали тому, кто изготавливал эталонные меры для сыпучих тел или жидкостей, либо тому, кто следил за правильностью измерений на рынке или в хозяйстве.

Интересно, что носители фамилии Майстнер в России — это, как правило, потомки немецких колонистов, переселившихся в Поволжье и на юг империи в XVIII–XIX веках. В немецких говорах колонистов слово «Meister» (мастер) звучало близко, но этимологически фамилия Майстнер всё же восходит к «Местнеру», а не к «мастеру». Путаница могла возникнуть из-за созвучия, но корень у неё не ремесленный, а измерительный.

В написании фамилии встречаются варианты: Мейстнер, Майснер, Местнер. В документах XIX века один и тот же человек мог быть записан по-разному в метрической книге и ревизской сказке — это нормально для фамилий, которые только входили в русскую письменную традицию.