Фамилия Мгдесян — яркий представитель армянских фамилий, образованных по классической модели с суффиксом -ян (в старой орфографии -янц). Этот суффикс, восходящий к древнеармянскому -եանց, указывает на принадлежность к роду или происхождение от предка. В русской традиции фамилии на -ян закрепились как наиболее распространённый тип армянских фамилий, особенно после массовой русификации в XIX веке.

Основа фамилии — Мгдес — вызывает два основных предположения. Первое и самое вероятное: это вариант армянского имени Мхитар (Мхитар → Мхдес → Мгдес). Мхитар в переводе с армянского означает «утешитель»; это имя было широко распространено, в том числе благодаря известному армянскому католическому деятелю и учёному Мхитару Себастаци. Фонетический переход «х» в «г» в некоторых армянских диалектах — явление обычное, поэтому Мгдесян мог возникнуть как диалектная форма фамилии Мхитарян. Второе, менее надёжное объяснение, связывает основу с тюркским словом «мегдес» (мечеть), но для армянской ономастики это маловероятно, так как фамилии по названиям культовых сооружений у армян встречаются редко и обычно имеют другую словообразовательную модель.

Географически фамилия Мгдесян скорее всего тяготеет к западным областям исторической Армении или к диаспоре, где диалектные особенности были выражены сильнее. В современной России и странах Закавказья она встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении или о сравнительно позднем закреплении в письменных источниках. По социальному составу носители фамилии, как и большинство армян с фамилиями на -ян, могли принадлежать к разным сословиям — от ремесленников и крестьян до духовенства, но без дополнительных генеалогических данных определить это точнее невозможно.

Особенность фамилии Мгдесян в том, что она прошла через диалектную трансформацию, которая «стёрла» очевидную связь с исходным именем. Если бы не знание армянских фонетических законов, корень «Мгдес» мог бы показаться тёмным или заимствованным. Это хороший пример того, как живой язык меняет фамилию до неузнаваемости, оставляя исследователю лишь намёки на первоначальную форму.