Фамилия Магдесян — армянская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -ян. В армянской ономастике этот патронимический суффикс заменяет русские -ов/-ев и -ин, указывая на принадлежность к роду: Магдесян — «из рода Магдеса». Основа фамилии — мужское личное имя Магдес. Оно имеет сложную историю, уходящую корнями в арабский язык. Имя Магдес восходит к арабскому слову «хаден» (вести за собой, направлять на путь истины, руководить), от которого образовано мусульманское имя Магди. Таким образом, Магдес — это имя с религиозным подтекстом, которое можно перевести как «следующий по пути, предначертанному Аллахом» или «посланный Аллахом, преподнесенный в дар». Интересно, что армянская фамилия вобрала в себя арабскую основу — это говорит о многовековых контактах народов Закавказья и Ближнего Востока, где общие имена переходили из культуры в культуру. Носители фамилии Магдесян, скорее всего, потомки человека по имени Магдес, жившего в армянской среде, возможно, в регионах, где пересекались христианские и мусульманские традиции.