Фамилия Магдеев — типичный пример тюркской фамилии, которая прошла через русскую письменную традицию и закрепилась в форме на -ев. Её основа восходит к арабскому слову «маджид» (madjid), что значит «славный», «достославный». В тюркской среде это слово стало личным именем Маджид, а на русской почве, из-за особенностей произношения, превратилось в Магдей или Магдей. От этого прозвища и образовали фамилию с помощью типичного для тюркских народов суффикса принадлежности -ев (в русской адаптации). Получается, Магдеев — буквально «сын Магдея» или «потомок Магдея».

Встречается и другая, менее распространённая версия, которая связывает фамилию не с арабским именем, а с арабским же словом «маггид» — «проповедник». В этом случае фамилия могла указывать на род занятий предка: имама, муллу или человека, известного в общине красноречивыми проповедями. Обе версии не противоречат друг другу, так как в арабском языке оба корня близки по звучанию и оба имеют религиозный или почётный оттенок. Но первая, от личного имени, встречается в документах чаще и считается основной.

Фамилия Магдеев — русифицированная форма. В оригинале, среди татар, башкир или других тюркских народов, она звучала бы как Мәҗитов (Мәҗитов) или Маджитов. Суффикс -ев заменил типичный тюркский суффикс принадлежности -ов/-ев, который в русской среде стал универсальным для всех фамилий, независимо от их происхождения. Именно поэтому мы видим «Магдеев», а не, скажем, «Маджид улы». Переход «джи» в «г» — тоже чисто русская фонетическая адаптация: твёрдый звук «г» оказался удобнее для произношения, чем мягкий аффрикат «дж».

Географически фамилия Магдеев распространена в Поволжье и Приуралье — на территориях, где исторически жили татары и башкиры. Встречается она и у казахов, но реже. Поскольку фамилия образована от мусульманского имени, её носители — преимущественно люди, чьи предки исповедовали ислам. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян до купцов и духовенства, но конкретных данных по одному роду нет — фамилия не указывает на дворянство или особое положение.

Если сравнить Магдеева с однокоренными фамилиями, такими как Маджитов, Магдиев или Магдеев (с ударением на второй слог), то все они — варианты одного корня. Разница в написании и произношении объясняется местными диалектами и степенью русификации. Например, в татарском языке имя Маджит дало фамилию Мәҗитов, а в русском — Магдеев. Так что, по сути, это одна и та же фамилия в разных письменных традициях.