Фамилия Магдей — метронимическая, то есть образована от женского имени. В её основе лежит имя Магда, сокращённая форма от Магдалина. В свою очередь, Магдалина восходит к евангельскому именованию Марии Магдалины, уроженки поселения Магдала на берегу Галилейского моря. Название этого селения на иврите означает «башня». Таким образом, исходный смысл фамилии — «потомок (или человек) Магды».

Интересная особенность этой фамилии — суффикс -ей. В славянских языках, особенно в украинском, такой суффикс встречается в фамилиях, образованных от имён (сравните: Коваль — Ковалей, или производные от женских имён вроде Настей). Однако -ей — один из характерных румынских (молдавских) фамильных суффиксов, указывающих на принадлежность (как в фамилиях Драгней, Попей). Поэтому фамилия Магдей может иметь как украинские, так и румынские корни, что говорит о её бытовании на стыке культур — вероятнее всего, на территории современной Западной Украины, Буковины или Молдовы.

Сама модель метронимии (фамилия от материнского имени) для этой фамилии не случайна. В украинской и молдавской традициях такие фамилии возникали, если мать играла ключевую роль в воспитании, была вдовой или пользовалась особым уважением в общине. Судя по суффиксу, фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Магдей, то есть «Магдин сын» или «человек из дома Магды».