Фамилия Магденова — один из тех случаев, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии, и это делает её особенно интересной. В русской антропонимии фамилии на -ов/-ев чаще всего образуются от крестильных имён, прозвищ или названий профессий, но корень «магден» явно выбивается из этого ряда.

Скорее всего, в основе фамилии лежит не славянское, а тюркское или арабское слово. Наиболее правдоподобная версия связывает её с именем Магдан (или Магдан-бий), которое восходит к арабскому «магдан» — «рудник», «источник», «сокровищница». В тюркских языках это имя могло означать «богатый», «драгоценный» или даваться в честь святого места. В таком случае Магденов (а женская форма Магденова) — это патроним, то есть «сын (или потомок) Магдана». Встречается и орфографический вариант Магданов, но форма с «е» в корне характерна для южнорусских и украинских говоров, где «а» в безударном положении могло переходить в «е».

Менее вероятна, но допустима версия, что фамилия образована от прозвища Магдена, данного человеку, который работал в рудниках или торговал металлом. Однако отсутствие широкого распространения такого прозвища в русской среде делает эту гипотезу слабой. Также не стоит связывать фамилию с «магдой» (диалектное название сороки) — это случайное созвучие, не подтверждённое историческими данными.

Географически фамилия Магденова встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где веками шло смешение славянского и тюркского населения. В этих местах тюркские имена легко ассимилировались через русские фамильные суффиксы. Носители фамилии могли быть как крещёными татарами или башкирами, так и русскими, воспринявшими имя от соседей или через духовные книги (в святцах имени Магдан нет, но в мусульманской среде оно было распространено).

Социальный контекст: суффикс -ов/-ев указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян или посадских людей, а не дворянства. В дореволюционных метрических книгах Магденовы — это чаще всего государственные крестьяне или мещане. В советское время фамилия не утратилась, но осталась редкой: по данным открытых источников, на всю Россию её носят не более нескольких сотен человек.