Фамилия Мгдюк — редкая и с первого взгляда загадочная. Её происхождение, скорее всего, связано с украинским или белорусским языком. На это указывает суффикс -юк, который в этих регионах был одним из самых распространённых способов образования фамилий: он обозначал «сына» или «потомка» человека, названного в основе. То есть Мгдюк — это «сын Мгды» или «человек из рода Мгды».

Самое сложное — основа «Мгд-». В русском, украинском и белорусском языках нет такого слова. Скорее всего, это результат фонетического упрощения или искажения. Правдоподобнее всего выглядит версия, что исходным было прозвище или имя Могд или Магд. В таком случае фамилия могла произойти от крестильного имени Магдий (редкая форма от Магн или от лат. magnus — «великий»). Либо, что более вероятно для простонародной среды, основа связана с диалектным словом «могти» (мочь, уметь) — прозвище Могд могли дать сильному, способному человеку. Со временем безударная гласная «о» редуцировалась, и «Могдюк» превратился в «Мгдюк».

Географически фамилия привязана к западноукраинским землям, особенно к Волыни и Прикарпатью, где такие стяжения согласных встречаются в говорах. Встречаются единичные носители в Польше (в форме Mgdiuk) и в диаспоре. Социально это однозначно крестьянская или казацкая фамилия: суффикс -юк редко встречался у дворянства, а сложная для произнесения основа указывает на устную, а не книжную традицию.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт мало: Мгдюк стоит особняком. Ближайшие по звучанию — Магдюк, Могдюк, Магдич — все они так же редки и, вероятно, восходят к одному корню. Таким образом, носитель фамилии Мгдюк может с большой уверенностью считать, что его предок жил на западе Украины или в южной Беларуси и получил прозвище по личному качеству или имени, которое впоследствии было сокращено до непривычного для современного уха звукосочетания.