Фамилия Мидушкина — женская форма, мужской вариант — Мидушкин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Мидушка, которое могло быть образовано от глагола «мидеть» (медлить, мешкать) или от диалектного «мидус» — так в некоторых говорах называли нерасторопного, задумчивого человека. В словаре В. И. Даля «мидус» зафиксирован как псковское слово со значением «медлительный, вялый». Таким образом, Мидушкой могли прозвать человека неторопливого, склонного к размышлениям, а фамилия закрепила это прозвище за его потомками.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мидушкин буквально означает «сын Мидушки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или уменьшительных форм имён, оканчивающихся на -а/-я. Окончание -а в женском варианте — грамматическая норма, не влияющая на смысл.

Географически фамилия редкая. По данным открытых источников, Мидушкины встречаются в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектная лексика сохранялась дольше. Возможно, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище за свой характер или манеру поведения.

Спорных версий происхождения немного. Можно было бы предположить связь с финно-угорскими корнями (например, от коми «мид» — мёд), но это маловероятно: суффикс -ушк- типично славянский, уменьшительно-ласкательный, а значение «медлительный» лучше объясняется русской диалектной лексикой. Единичные случаи написания фамилии через «е» (Медушкина) могут быть результатом акающего произношения или описки, но основная форма закрепилась как Мидушкина.