Фамилия Мифтафудинов — редкий пример, в котором тюркская основа соединилась с арабским корнем и русским патронимическим суффиксом. В основе лежит арабское имя Мифтафуддин (вариант Мифтахуддин), которое переводится как «ключ веры» или «открывающий врата религии». Первая часть, «мифтах» — «ключ», вторая, «ад-дин» — «вера, религия». Имя это было распространено в мусульманских семьях Поволжья и Средней Азии, особенно среди татар и башкир. К нему добавился тюркско-персидский компонент «-удин» (вариант «-уддин»), который усиливает религиозный оттенок: буквально «ключ именно веры».

Фамилию образовали по русской модели: к основе Мифтафудин прибавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Получается «сын Мифтафудина». Такая схема характерна для фамилий, которые появились у татар и башкир после XVI–XVII веков, когда Российское государство стало фиксировать инородцев в документах по русскому образцу. В отличие от многих татарских фамилий на -ин (например, Ахметшин), здесь закрепился суффикс -ов, что может говорить о более поздней записи или влиянии местной бюрократической традиции.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и Оренбургской области. Встречается она нечасто, и её носители — потомки людей, получивших имя Мифтафуддин. Скорее всего, предок был человеком грамотным, возможно, муллой или учителем при мечети, поскольку имя «ключ веры» давали в семьях, где ценили религиозное образование. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет — фамилия осталась в среде крестьян и мещан, что типично для массовых татарских фамилий XIX века.

С точки зрения словообразования любопытно, что арабское имя в русской записи потеряло долгие гласные и приобрело окончание -ов, но сохранило редкий для славянских фамилий кластер «фт» в начале. Это делает Мифтафудинова легко узнаваемой среди фамилий на -ов: она сразу указывает на восточное происхождение, но оформлена по-русски.