Фамилия Мифтаов — редкий случай, когда написание расходится с произношением и скрывает истинное происхождение. На слух она кажется русской, оформленной типичным патронимическим суффиксом -ов, но её корень ведёт в арабский мир, а точнее — в тюркскую среду, где исламские имена перерабатывались в фамилии.

Основа фамилии — мужское имя Мифтах (варианты Мифта, Мифтахетдин). Оно восходит к арабскому «мифтах» — «ключ». В мусульманской традиции имя часто давали с пожеланием, чтобы ребёнок стал «ключом к добру», открывал благие дела. В Поволжье и на Урале, среди татар и башкир, имя Мифтах было распространено, а фамилии на -ов образовывали по русскому образцу: Мифтах + ов = Мифтахов. И вот тут ключевой момент.

Фамилия Мифтаов, скорее всего, возникла из-за особенностей тюркского произношения или канцелярской ошибки. Звук «х» на конце имени в потоке речи мог редуцироваться, выпадать, и писарь записал фамилию так, как слышал: Мифтаов вместо Мифтахов. Таких «потерянных» согласных в русских фамилиях тюркского происхождения немало. То есть Мифтаов — это фонетический вариант более частой фамилии Мифтахов.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Оренбуржью. Носители — потомки тех, кого в метриках записывали как Мифтах, а в советских паспортах закрепилось упрощённое написание. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, вероятно, в конце XIX — начале XX века.

Встречается и другая версия: что основа — тюркское слово «мифта» (нечто мелкое, крошечное), но она менее убедительна, так как не имеет надёжных параллелей в ономастике. Основной и правдоподобный путь — от арабского имени со значением «ключ», через татарское посредничество и с утратой звука «х» на письме.