Фамилия Миголеня — редкая, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Если отбросить суффикс, указывающий на принадлежность, в основе лежит корень, который ведёт нас к белорусскому или украинскому именованию.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища или имени Миголь. В белорусском языке «міголь» или «мігаль» — это «мигающий», «моргающий», то есть человек с быстрым взглядом или нервным тиком. Суффикс -еня (-еня) характерен для восточнославянских фамилий, особенно в белорусской и западнорусской традиции. Он указывает на происхождение по отцу: Миголеня — буквально «сын Миголя» или «человек из рода Миголя». Такая модель (основа на -ль + суффикс -еня) встречается, например, в фамилиях Коваленя, Каваленя (от коваль — кузнец) или Голубеня.

Вторая, менее вероятная версия — связь с глаголом «мигать» в значении «мелькать», «быстро двигаться». Прозвище Миголь мог получить непоседливый, суетливый человек или тот, кто часто моргал от удивления. В польском языке есть слово «migać» с тем же значением, что допускает влияние пограничных регионов.

Географически фамилия тяготеет к западу Беларуси и востоку Польши. В современных базах данных Миголеня встречается единично, в основном в Гродненской и Брестской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.

По сословной принадлежности предки Миголени, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Ударение в фамилии, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Миголе́ня.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Мигаль, Мигалевич, Мигуля. Все они держатся одного корня — «миг», «мигать».