Фамилия Мигован — редкая для русской среды и почти наверняка нерусская по происхождению. Её основа — не славянский корень, а румынское или молдавское слово «mig» (миг), которое означает «миндаль». В таком случае Мигован — это «миндальный», то есть прозвище, данное либо по цвету глаз (миндалевидный разрез), либо по занятию: предок мог торговать миндалём или жить в местности, где росло миндальное дерево.

Суффикс «-ан» в фамилиях характерен для Молдовы, Румынии и южнославянских областей. Он выполняет ту же роль, что русское «-ов»: указывает на принадлежность к роду. Мигован — буквально «сын Мига» или «человек, связанный с миндалём». Встречается и украинский вариант Мигован, но там основа, скорее всего, от глагола «мигати» (моргать), и тогда фамилия означала бы «тот, кто часто моргает» — прозвище по заметной привычке.

В России фамилия Мигован встречается в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически селились молдавские и украинские переселенцы. В Молдове и на Буковине она более распространена, и там её связь с румынским «mig» не вызывает сомнений.

Спор о происхождении обычно решается в пользу румынской версии: слово «миг» в значении «миндаль» зафиксировано в молдавских говорах, а суффикс «-ан» типичен именно для этой языковой группы. Украинская гипотеза слабее — фамилий, образованных от глагола «мигати» с суффиксом «-ан», почти не встречается, обычно такие прозвища давали в форме Мигайло или Мигун.