Фамилия Мигулкина — женская форма, а её мужской вариант — Мигулкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Мигулка. Оно образовано от глагола «мигать» с помощью уменьшительного суффикла -к-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Мигулкой в крестьянской среде могли назвать человека с быстрым, бегающим взглядом, того, кто часто моргал, или же, напротив, сонного, медлительного — по контрасту с действием. В говорах слово «мигулка» имело и другие значения: так называли короткую вспышку, мгновение, а в некоторых регионах — небольшой светильник или лампу. Возможно, прозвище закрепилось за мастером, делавшим такие светильники, но первая версия — по особенности поведения — выглядит естественнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мигулкин значит «сын Мигулки» или «человек из семьи Мигулки». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и её носители могли жить в Поволжье или на Вятке — именно там фиксируются ранние упоминания подобных фамилий.

Однокоренные фамилии — Мигунов, Мигалкин, Мигачёв — все они восходят к тому же глаголу «мигать». Мигулкин стоит особняком за счёт редкого суффикса -улк-, который придаёт прозвищу ласкательный или уменьшительный оттенок. В дореволюционных метрических книгах фамилия встречается спорадически, без ярко выраженного ареала, что говорит о её локальном происхождении. Сегодня Мигулкины — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, потомки одного или нескольких родов из центральной России.