Фамилия Микешкина — женская форма, а её мужской вариант Микешкин. Это типичная русская «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени или прозвища отца. Основа здесь — Микешка, уменьшительная форма от крестильного имени Михаил. В русской традиции имя Михаил давало целый ряд обиходных вариантов: Миша, Мишка, Михей, а в некоторых говорах — Микеша. Суффикс -к- в имени Микешка указывает на ласкательное или просторечное обращение, а суффикс -ин в фамилии означает «чей?» — то есть сын или потомок Микешки.

Стоит обратить внимание на редкую огласовку корня: не Мишкин, а Микешкин. Это указывает на диалектное произношение или на то, что имя закрепилось в письменных документах именно в такой форме — через «е». В северных и центральных русских говорах имя Михаил могли произносить как «Микела», «Микей», отсюда и форма Микеша. Фамилия Микешкин встречается нечасто и географически привязана к регионам, где сохранялось акающее или «екеющее» произношение — например, в бывших Новгородских и Вологодских землях.

Если говорить о социальном контексте, то фамилии на -ин в основном принадлежали крестьянскому и мещанскому сословию. Дворянские фамилии чаще оформлялись суффиксом -ов/-ев. Поэтому предки Микешкиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище Микешка могло относиться к конкретному человеку, которого в семье или деревне выделяли по имени, без дополнительных ремесленных или внешних примет.

В ономастике нет единого мнения, связана ли эта фамилия с редким прозвищем «микеша» (возможно, от диалектного «микать» — мямлить, говорить невнятно), но более вероятно, что перед нами просто фонетический вариант от Михаила. Спорных версий здесь немного, и самая правдоподобная — церковная основа, адаптированная местным говором.