Фамилия Микешкин образована по классической русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Микешкин, то есть сын или потомок Микешки. Основа здесь — уменьшительная форма личного имени Микей, которое, в свою очередь, является народно-разговорным вариантом канонического имени Никита. Такая замена начального «Н» на «М» в русских говорах встречается нередко: из Никиты получался Микита, а затем и Микей. В ономастике этот процесс называют диссимиляцией или просто народной переделкой, когда имя адаптировалось под удобное произношение.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных форм (Михайлов, Никитин), суффикс -ин в Микешкине закрепился именно за краткой, «домашней» формой имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был известен в своей среде не как Микей (взрослый, полный человек), а как Микешка — ласкательное или обиходное прозвище. Такие фамилии чаще встречались среди крестьян и посадских людей, где официальное имя не всегда использовалось в быту.

По географии фамилия Микешкин — довольно редкая, её очаги рассеяны по центральной России и Поволжью. Встречается она и на Урале, что может быть связано с переселением крестьян в XVIII–XIX веках. Правдоподобная версия: основатель рода был сыном некоего Микея, которого в деревне звали Микешка — так за ним и закрепилось прозвище, перешедшее в фамилию.

С точки зрения словообразования, Микешкин стоит в одном ряду с фамилиями вроде Микешин (от той же основы, но с другим суффиксом) или Микишкин (от варианта Микишка). Однако суффикс -к- в основе Микешк- придаёт фамилии более выраженный просторечный оттенок, характерный для северных и центральных говоров. Если бы предок носил полное имя Микей, фамилия звучала бы как Микеев — но этого не произошло, что и подтверждает прозвищное происхождение.

Точных сведений о дворянском или купеческом происхождении Микешкиных нет — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия. В документах она фиксируется с XVIII века, но массово не распространилась, оставшись локальной.