Основой фамилии послужило мирское имя Микеша. Фамилия Микешин происходит от имени Микеша – уменьшительного от Никифор. Само имя Никифор в переводе с древнегреческого означает “победоносный”. Таким образом, потомки человека, обладающего именем Микеша, со временем получили фамилию Микешин.