Фамилия Микешин восходит к мирскому имени Микеша — так в старину в быту уменьшительно называли человека с крестильным именем Никифор. Это имя пришло на Русь из Византии вместе с христианством и в переводе с древнегреческого означает «победоносный». Поэтому, если говорить о глубинном смысле, фамилия Микешин — это фамилия потомков «победоносного» человека, хотя сам предок, скорее всего, был простым землепашцем или ремесленником и никакого отношения к военным победам не имел.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе Микеш- добавили фамильный суффикс -ин, который указывает на принадлежность роду. То есть Микешин буквально означает «сын Микеши», «из семьи Микеши». Такой способ образования фамилий от уменьшительных форм имён был повсеместным в XV–XVII веках, когда фамилии только начинали закрепляться у крестьян и посадских людей.

Интересно, что имя Микеша не стоит путать с созвучным Микиша — в некоторых говорах так же сокращали имя Николай. Однако для фамилии Микешин основой почти наверняка послужил именно Никифор: форма Микеша от него встречается в документах чаще, а фонетический переход «ф» в «ш» через промежуточное «х» («Никихор» → «Никиша» → «Микеша») для народной речи естественен.

В русских говорах у имени Микеша было и самостоятельное, нарицательное значение. В некоторых регионах микешей называли нерасторопного, простоватого человека, но это значение, скорее всего, вторичное, возникшее уже после того, как имя стало употребительным. Поэтому при объяснении фамилии стоит отталкиваться от имени, а не от прозвища.

Фамилия Микешин не относится к числу аристократических — она бытовала в основном в крестьянской и мещанской среде. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, где были распространены формы имени на «-еша». Сегодня её можно найти и в городах, и в деревнях, причём носители часто даже не задумываются, что их фамилия — это память о древнем имени Никифор, которое сейчас почти вышло из употребления.