Фамилия Макешин образована от нецерковного имени Макеш. Это имя — народная переработка имени Мокош, которое в древнеславянском пантеоне носила богиня плодородия, единственное женское божество, чей идол стоял на киевском холме рядом с Перуном и Велесом. Имя богини связывают со словами «мокрый», «мокнуть»; отсюда же обряд «мокрида», когда в колодец бросали пряжу в жертву Пятнице, слившейся в народном сознании с Мокошью.

Фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе Макеш- прибавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Макеша» или «из дома Макеша». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ и названий профессий, оканчивающихся на твёрдый или мягкий согласный. В данном случае суффикс -ин, а не -ов, что говорит о древней основе на -а или о том, что имя Макеш воспринималось как имя существительное мужского рода с окончанием, позволяющим присоединить именно этот суффикс.

Сами образы, связанные с Мокошью, в народе не были забыты. Богиню представляли длиннорукой, большеголовой женщиной, прядущей по ночам; поверья запрещали оставлять кудель, чтобы Мокошь не отпряла. Со временем её женская ипотеза закрепилась за «бабьим царством», а имя стало даваться мальчикам как оберег или как отражение почитания божества. Прямых указаний на социальное положение первых носителей фамилии Макешин нет, но, учитывая деревенский характер имени и связь с аграрными культами, можно предположить, что предки были крестьянами или ремесленниками. Фамилия встречается в центральных регионах России, но не является массовой, что делает её интересным объектом для локальных генеалогических исследований.