Фамилия Микешин происходит от старинного русского имени Микеша, которое служило уменьшительной формой от крестильного имени Никифор. В переводе с древнегреческого Никифор означает «победоносный», что, вероятно, отражало пожелание родителей видеть своего сына удачливым и сильным. Фамилия относится к распространенному типу русских фамилий, образованных от мирских имен, которые часто использовались в быту наряду с церковными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Микешин буквально значит «сын Микеши».

Интересно, что имя Микеша могло быть и самостоятельным, а не только сокращением от Никифора. В некоторых говорах так могли называть медлительного или задумчивого человека, но эта версия менее убедительна, так как в старинных документах форма Микеша устойчиво связывается именно с Никифором. Родственные фамилии — Микеев, Микишин, Микешин — образованы от разных народных вариантов того же имени, и их носители часто оказываются дальними родственниками.

Точное время и место появления фамилии Микешин установить сложно: такие фамилии возникали стихийно в разных регионах России с XV по XVII век, когда крестьяне и посадские люди массово получали наследственные прозвания. Скорее всего, предки Микешиных были людьми незнатными, но уважаемыми в своей общине, поскольку имя, данное при крещении, подчеркивало их связь с церковной традицией.