Фамилия Михаханова — редкая и сложная по составу. Она явно образована от мужского имени или прозвища Михахан, а тот, в свою очередь, — это двойная основа. Первая часть, «Мих-», восходит к имени Михаил (в просторечии — Михей, Миханя, Михалка). Вторая часть, «-хан», — тюркский титул, означающий «владыка», «правитель», «князь». Такие гибридные формы (русское имя + тюркский титул) характерны для зон активного русско-тюркского пограничья: Поволжья, Урала, Сибири, Кавказа. Михахан — это, скорее всего, не официальное имя, а уличное прозвище, которое дали либо человеку с властным характером, либо тому, кто служил у татарского или башкирского хана, либо просто как шутливое величание «Михаил-хан».

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий: Михахан → Михаханов → жена Михаханова. Окончание «-а» — женский род. То есть носительница фамилии Михаханова — женщина, чей предок по мужской линии носил прозвище или неканоническое имя Михахан.

В ономастических справочниках эта фамилия не относится к частотным. Она могла возникнуть в среде казачества, крестьян или служилых людей, которые контактировали с тюркскими народами. Встречается преимущественно в регионах с татарским и башкирским населением, а также среди русских старообрядцев, живших на Алтае или в Забайкалье. Искать корни стоит в южноуральских или сибирских архивах — там подобные двукоренные фамилии не редкость.

Если отбросить женское окончание, то мужской вариант — Михаханов — встречается ещё реже. Встречаются также варианты написания через «а» в корне (Михохан) или с суффиксом «-ин» (Михаханин), но они единичны. По сути, фамилия — живое свидетельство многовекового культурного обмена, где русское имя получило «ханский» титул, а затем закрепилось в документах как родовое имя.