Фамилия Михакина — женская форма, а её мужской вариант — Михакин. В основе фамилии лежит имя или прозвище, и здесь есть несколько возможных путей, но один из них заметно правдоподобнее остальных.

Самый прямой путь — от имени Михаил, вернее, от его обиходной, разговорной формы. В русских говорах имя Михаил сокращали по-разному: Миша, Мишка, Михей, а также Михак. Форма «Михак» встречается в северных и центральных регионах, особенно в старых писцовых книгах. Если оттолкнуться от неё, фамилия строится по простой модели: Михак → Михакин («чей?» — сын Михака). Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, что типично для русских фамилий, образованных от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я.

Вторая версия, более редкая, связывает фамилию с прозвищем Михак от глагола «михать» — в некоторых диалектах это означало «мять, месить, толочь». Тогда прозвище мог получить человек, занимавшийся разминанием глины, теста или кожи — например, пекарь, гончар или кожевник. Однако эта версия слабее: глагол «михать» малораспространён, а имя Михак фиксируется в источниках чаще.

Географически фамилия Михакина встречается не повсеместно, а тяготеет к Поволжью и центральным областям России. Встречается она и в старых списках однодворцев — особого сословия, жившего на южных границах Русского государства. Это может указывать на то, что предки носителей фамилии были не крепостными, а служилыми людьми или вольными землепашцами.

Однокоренные фамилии — Михаков (от той же основы, но с другим суффиксом), Михеев, Мишин — показывают, насколько разнообразно обыгрывалось имя Михаил в русской ономастике. Михакина стоит в этом ряду как одна из менее частотных, но вполне закономерных форм.