Фамилия Михаложина — женская форма мужской фамилии Михаложин, которая встречается редко и имеет неочевидное происхождение. В основе лежит имя Михаил, но не напрямую, а через уменьшительную или диалектную форму. Дело в том, что суффикс -ожин нехарактерен для стандартной русской фамильной модели. В русском языке типичны суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский. Окончание -ожин заставляет предположить, что перед нами не чисто русская, а, скорее, западнорусская или белорусская фамилия, где звуковые переходы иные.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Михаложа. Это прозвище могло возникнуть от просторечного варианта имени Михаил — Михал, к которому добавили ласкательный или ироничный суффиксальный элемент -ожа (сравните: Диможа, Серёжа). В таком случае Михаложа — это «маленький Михаил» или, наоборот, «здоровяк Михаил» (суффикс -ожа в говорах мог иметь увеличительное значение). Фамилия Михаложин, соответственно, означает «сын Михаложи» или «принадлежащий Михаложе».

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с географическим названием. В Польше и Беларуси есть деревни с корнем Михал- (например, Михалово, Михаловичи). Жителя такой деревни могли назвать Михаложей, а его потомка — Михаложиным. Однако эта гипотеза слабая, так как типичный суффикс для обозначения жителя в этой местности — -ец или -ич, а не -ожа.

Географически фамилия Михаложин скорее всего тяготеет к западным областям России, Беларуси или восточной Польше. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного конкретного рода. Социальный статус предков, носивших такую фамилию, скорее всего, был крестьянским или мещанским: фамилии на -ин редко встречались у дворянства, если только не были образованы от прозвища, а не от имени. Ударение в фамилии, судя по модели, падает на второй слог: Михалóжина.