Фамилия Михалютины образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой послужило церковное имя Михаил, точнее — его народная, обиходная форма Михалюта. Это уменьшительно-ласкательный вариант имени, который бытовал в украинской и южнорусской среде. В переводе с древнееврейского Михаил означает «благонравный», хотя чаще говорят «кто как Бог» — с этим значением связано почитание архангела Михаила.

Модель образования здесь классическая для восточнославянских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный. Если у отца было имя Михалюта, его дети писались как «Михалютин сын» — то есть принадлежащий Михалюте. Со временем указание на родство отпало, и форма закрепилась как наследственное родовое имя.

Интересно, что в отличие от более частотных Михайловых или Михайленко, фамилия Михалютин сохранила именно эту промежуточную ступень — от полного имени к ласкательному. Подобные формы в XIV–XVII веках не считались уменьшительными в современном смысле: так звали взрослых людей в быту, в документах, в переписи. Михалюта мог быть и крестьянином, и посадским человеком, и служилым — имя не указывало на сословие.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у разных слоев населения растянулся на столетия, с XV по XVIII век. Однако по суффиксу и основе можно уверенно отнести её к восточнославянскому ареалу, скорее всего — к территориям современной Украины, Беларуси или юга России, где форма Михалюта встречалась особенно часто.

Встречаются и варианты написания: Михалютин, Михалютинов, а также родственные фамилии Михалюк, Михаленко, Михалевич — все они выросли из одного корня, но закрепились в разных регионах. Фамилия Михалютины — это памятник живой народной традиции именования, которая соединяла церковный канон с повседневной речью.