Фамилия Михльсоне — редкий для России пример фамилии, застывшей в латышской или немецкой транскрипции. Её основа — мужское имя Михль, которое является краткой формой от Михаил (древнееврейское «кто как Бог»). Суффикс -соне (или -сон) указывает на патроним: буквально «сын Михля». В латышской традиции фамилии на -соне (в мужском роде -сонс) массово оформлялись в XIX веке, когда крестьянам Прибалтики присваивали официальные фамилии по отцу или прозвищу. Таким образом, Михльсоне — это «потомок (сын) человека по имени Михль».

Вероятнее всего, носитель фамилии — латыш или потомок остзейских немцев. В немецком языке фамилия выглядела бы как Michlsohn, где суффикс -sohn даёт то же значение. Однако написание через «е» на конце (Михльсоне) характерно именно для латышской орфографии, где форма женского рода часто оканчивается на -е, а мужского — на -с. Если фамилия передаётся по мужской линии в неизменном виде, это может быть следствием русификации: в советских документах окончание закрепили как «-е», не склоняя её как типичную латышскую фамилию.

С точки зрения словообразования, фамилия не содержит русского суффикса -ов/-ев или -ин, что сразу выделяет её из массива великорусских фамилий. Встречается она в основном в Латвии, а также среди латышской диаспоры — в Сибири, куда ссылали участников национального движения в 1940–1950-х годах. В России единичные носители живут в Калининградской и Псковской областях, что связано с историческим соседством с Прибалтикой.

Спорных версий происхождения здесь почти нет: корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на патроним. Единственный нюанс — могла ли фамилия возникнуть от еврейского имени Михль (идишская форма Михаила) с добавлением немецкого -сон. Такое возможно в среде ашкеназских евреев, живших в Курляндии, но тогда фамилия скорее писалась бы как Михельсон. Форма Михльсоне с мягким знаком и окончанием -е выдаёт именно латышское оформление.