Фамилия Миходуй — один из тех случаев, когда внешняя необычность звучания обманчива. На первый взгляд она кажется либо шуточным прозвищем, либо заимствованием, но словообразовательный анализ указывает на вполне конкретную, хотя и редкую, модель.

Основа фамилии — «Михо-». Это просторечная, диалектная форма церковного имени Михаил (от древнееврейского «кто как Бог»). В русских говорах имя Михаил сокращали до Михей, Миханя, Миша, а также до Михо (сравните: Михо — как Данило, Петро, Яков). Суффикс «-дуй» в данном случае — не глагол, а вторая часть сложного прозвища, характерная для украинской и южнорусской ономастики. Такие прозвища, как Миходуй, означают «тот, кто дует (играет) на Михе» — то есть музыкант, играющий на волынке, дудке или рожке. Подобные фамилии есть у украинцев: Грицуд, Панько, Иванюк — где вторая часть указывает на действие, связанное с именем.

Версия о происхождении от глагола «дуть» в прямом смысле (например, «тот, кто дует на Мишку») менее вероятна, хотя и возможна в качестве шутливого прозвища. Однако в ономастике известны фамилии на «-дуй» (Дудка, Сопель, Свистун) — и они устойчиво связаны с музыкальными инструментами. Таким образом, Миходуй — это, скорее всего, «Михаил-дударь», то есть пастух или скоморох, который играл на дудке и был назван по имени и ремеслу.

Фамилия редкая. Встречается спорадически на западе России, в Брянской, Смоленской областях и в Беларуси — в зоне, где украинское влияние на фамильные модели сильнее, чем в центральных регионах. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её локальном бытовании среди крестьян или казаков. Сословно — скорее всего, крестьянская или однодворческая, без дворянских корней.

Написание с «и» в первом слоге (Миходуй, а не Меходуй) закреплено за просторечной формой имени. Если бы фамилия происходила от слова «мех» (меховщик), она выглядела бы как Меходуев или Мехов. Поэтому вариант с «и» — единственный верный с точки зрения этимологии.