Фамилия Михушкин, вероятно, восходит к названию деревни Микушкино, расположенной в республики Марий-Эл. Русское название деревни Микушкино образовано от марийского Мучашъер, что означает «конечное озеро». Вероятно, подобное наименование связано с тем, что деревня находится рядом с болотом. Согласно другой гипотезе, официальный вариант названия данного населенного пункта образован от марийского мужского имени Микуш. По легенде, в глухом лесу на берегу небольшой речушки поселились две семьи, одна из них - семья Микуша. По имени одного из переселенцев деревню и назвали Микушкино, от которого и ведет свое начало фамилия Михушкин. В результате исторических изменений, а также под влиянием народно-разговорной речи, звук «к» преобразовался в «х», поэтому фамилия и приобрела форму Михушкин, вместо первоначальной Микушкин.