Фамилия Михушкин — редкий пример того, как народная речь перекроила исходную форму до неузнаваемости. Скорее всего, перед нами не самостоятельное образование, а видоизменённый вариант фамилии Микушкин, где под влиянием аканья и разговорного произношения глухой звук «к» смягчился и перешёл в «х». Такая замена не редкость в русской ономастике: подобные переходы фиксируются в фамилиях, которые веками бытовали в устной традиции, прежде чем закрепиться в документах.

Основа фамилии — название деревни Микушкино в республике Марий Эл. Но и тут не всё однозначно. Официальное русское имя селения — калька с марийского Мучашъер, что переводится как «конечное озеро». Вероятно, топоним возник из-за того, что деревня стоит у болота, замыкающего цепочку озёр. Однако местное предание предлагает иную версию: будто бы в глухом лесу на берегу речушки осели две семьи, и одну из них возглавлял человек по имени Микуш. По имени этого первопоселенца и назвали деревню, а уже от неё пошла фамилия.

Какая версия правдоподобнее? Скорее всего, обе работают одновременно. Марийское мужское имя Микуш — это местная форма от русского Николай (через греческое Николаос). Для Поволжья, где веками жили рядом марийцы и русские, такой обмен именами — обычное дело. Деревня могла получить имя по реальному человеку, а уже потом русские чиновники при переписи «перевели» его на свой лад, связав с озером. В пользу этого говорит и то, что фамилия Михушкин (как и Микушкин) встречается именно в тех регионах, куда уходили переселенцы из Марий Эл, — в Заволжье и на Урале.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Михушкин буквально значит «сын (или человек) Микуша». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён без патронимического суффикса -ов. Если бы фамилия пошла от полного имени Николай, мы бы имели форму Никулин или Никольский, но здесь сработала именно уменьшительная деревенская форма.

Любопытно, что в документах XIX века фамилию фиксировали и как Микушкин, и как Михушкин, иногда даже в пределах одной семьи. Это подтверждает: написание долго не было устойчивым, и только к началу XX века форма с «х» закрепилась за частью потомков. Так что современный носитель фамилии Михушкин, скорее всего, хранит память о марийских корнях и о человеке по имени Микуш, чьё имя дало имя целой деревне.