Фамилия Михушкин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Михушкин, вероятно, восходит к названию деревни Микушкино, расположенной в республики Марий-Эл. Русское название деревни Микушкино образовано от марийского Мучашъер, что означает «конечное озеро». Вероятно, подобное наименование связано с тем, что деревня находится рядом с болотом. Согласно другой гипотезе, официальный вариант названия данного населенного пункта образован от марийского мужского имени Микуш. По легенде, в глухом лесу на берегу небольшой речушки поселились две семьи, одна из них - семья Микуша. По имени одного из переселенцев деревню и назвали Микушкино, от которого и ведет свое начало фамилия Михушкин. В результате исторических изменений, а также под влиянием народно-разговорной речи, звук «к» преобразовался в «х», поэтому фамилия и приобрела форму Михушкин, вместо первоначальной Микушкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Михушкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Михушкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.