Фамилия Микильченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской антропонимии, означает «сын» или «потомок» (как русское -ович или польское -ич). По сути, Микильченко — это «сын Микилька», а Микилько, в свою очередь, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Микита (церковная форма — Никита). В украинском языке имя Никита традиционно звучало как Микита, отсюда и все производные: Микитенко, Микитюк, Микитченко и, наконец, Микильченко.

Особенность этой фамилии — редкий суффикс -ченко при основе на -ль-. Обычно от имени Микита образуют форму Микитенко (прямое «сын Микиты»). Форма Микильченко говорит о том, что в основе лежало не само имя, а его производная форма — Микилько. Такое «двойное» уменьшение (Микита → Микилько → Микильченко) нечасто встречается и указывает на то, что прозвище родоначальника было именно Микилько — вероятно, так звали его в быту, чтобы отличать от других Микит в селе.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Черкащине, Полтавщине и Киевщине. В России и Беларуси она встречается реже, и почти всегда — следствие миграции украинского населения в XVIII–XIX веках, в том числе переселения на Кубань и в южные губернии.

Социальный контекст: носители фамилии Микильченко, как правило, происходят из крестьянской или казачьей среды. Фамилии на -енко в XVII–XVIII веках были массово распространены среди запорожских казаков и мещан, а позже закрепились как основная модель украинских родовых именований. Дворянской эта фамилия быть не могла: в Российской империи дворяне украинского происхождения чаще носили фамилии на -ский или -ович, а -енко оставалось знаком простонародья.

Если ваш предок носил фамилию Микильченко, то с высокой вероятностью он был выходцем из Левобережной Украины, а его пращур носил уменьшительное имя Микилько — «маленький Микита». Никакого иного, не связанного с именем, значения у этой фамилии нет: ни прозвищного, ни тюркского, ни профессионального. Она чисто патронимическая, и её корень лежит в православном святце.