Фамилия Микинелов — один из тех редких случаев, когда написание почти наверняка искажено, а исходная форма скрыта за позднейшим переосмыслением. Если смотреть на корень, то «Микинел» не имеет очевидной славянской или тюркской этимологии. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Микинеев или Микинец, адаптированный под стандартную модель на «-ов». В таком случае основа восходит к имени Микиня — народной форме канонического имени Никита (через греч. Никитас, «победитель»). В русских говорах Никиту часто называли Микитой, а уменьшительно — Микиня, Микинец. Суффикс «-ел» в данном положении нетипичен для русского словообразования; он мог возникнуть при заимствовании фамилии из украинского или белорусского языка, где есть суффикс «-ель» (например, Микинель), а затем при переезде носителя в великорусские губернии фамилия «подогналась» под окончание «-ов», давшее Микинелов.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: прозвище Микинел могло произойти от диалектного глагола «микинить» (в некоторых говорах — «мельчить», «дробить»). Тогда Микинелом называли человека, занимающегося размельчением зерна или руды, или же того, кто говорил торопливо, «мелко». Однако эта гипотеза слабая, так как глагол не зафиксирован в авторитетных словарях как распространённый.

Географически фамилия Микинелов встречается крайне редко, единичные случаи зафиксированы в центральных областях России (Тверская, Московская губернии) и в Поволжье. Это указывает на позднее формирование — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам при переписях давали фамилии по прозвищам или по имени отца, а писарь записывал на слух, исказив исходное Микинеев или Микинец. Социально носители, судя по отсутствию в дворянских родословных книгах, принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Микинеев, Микинин, Микитенко — показывает, что Микинелов стоит особняком: у него необычный суффиксальный элемент «-ел-», который не характерен для русской ономастики. Это делает фамилию ценной для лингвиста, но для носителя означает одно: предок, скорее всего, был выходцем из украинских или белорусских земель, а фамилию «обрусили» при записи. Точное значение — «сын Микинела» (или «потомок Микини»), то есть отсылка к имени Никита, но с оговоркой на возможное искажение.