Фамилия Миклишанский — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка первична, а не прозвищная или профессиональная. Она образована по типичной для восточнославянских фамилий модели: основа + суффикс -ский, который изначально указывал на принадлежность к местности или владению. В польской и украинской традициях такие фамилии часто получали шляхтичи или выходцы из сёл, чьё название заканчивалось на -ичи, -ище или -ишки.

Корень «Миклиш-» — это, скорее всего, адаптированная форма личного имени Миклош (венгерское Miklós, соответствующее русскому Николаю) или же производное от западнославянского варианта имени Микулаш (чешское Mikuláš). В любом случае, основа восходит к греческому Николаос («победитель народов»). Фамилия могла возникнуть на землях, где пересекались славянское и венгерское влияние: в Закарпатье, Галиции или на Буковине. Топоним Миклиш (или Миклиши) до сих пор встречается в польских и украинских исторических документах как название хутора или урочища.

Суффикс -ан- в середине слова (Миклиш-ан-ский) — нестандартная деталь. Он может указывать на собирательное значение: «Миклишанский» — буквально «происходящий из места, где живут Миклиши» (то есть потомки некоего Миклиша). Такая модель характерна для фамилий, возникших от названий деревень на -ане (-яне), например, «Роман — Романовский» здесь не работает, а «Роман — Романяне — Романянский» — да.

Версия о прямом прозвище «Миклиш» (человек, похожий на венгра Миклоша или служивший у него) менее вероятна: для прозвищной фамилии скорее подошёл бы суффикс -ов (Миклишов). А вот форма на -ский надёжно закрепляет за носителем статус «человека с определённой территории». Так что предки Миклишанских, скорее всего, были мелкими землевладельцами или крестьянами из одного из западнорусских или малороссийских селений, чьё название со временем исчезло с карт.

Сословно фамилия не была элитарной: в Российской империи -ский не гарантировал дворянства, многие такие фамилии давали священники при поступлении в семинарию (переделывая фамилию на польский манер) или же их носили однодворцы. Спорных версий тут немного — корень прозрачен, а альтернативное толкование от «микла» (диалектное «маленький») разбивается о суффиксальную конструкцию.