Фамилия Микшенко звучит так, будто в ней спрятано что-то лишнее. И это ощущение не обманывает: перед нами один из тех случаев, когда украинский суффикс -енко наслоился на основу, которая сама по себе уже была фамилией или прозвищем. Если отбросить типичный для восточной Украины фамильный суффикс, указывающий на потомка («чей?» — Микшин сын, Микшенко), в остатке получаем основу Микш-.

Здесь и начинается главная загадка. Самая вероятная версия: Микш — это фонетический вариант имени Никита или его уменьшительной формы Микита. В южнорусских и украинских говорах начальное «н» перед «и» часто выпадало или переходило в «м» (сравните «Микита» вместо «Никита»). Таким образом, Микша — это разговорная, «домашняя» форма крестильного имени Никита (в переводе с греческого — «победитель»). Фамилия Микшенко, следовательно, означает «потомок Микши», то есть Никиты.

Менее распространённая, но возможная версия отсылает к польскому или белорусскому влиянию. В этих языках «miksz» или «miks» могло быть прозвищем человека, который что-то мешал, путал или был занят смешиванием (от глагола «mieszać» — мешать). Однако для фамилии на -енко, которая прочно ассоциируется с украинской антропонимией, версия с производным от Никиты гораздо органичнее.

Географически фамилия Микшенко редкая и тяготеет к тем регионам, где украинский суффикс -енко встречается повсеместно, но где могли фиксировать фамилии с необычным звучанием. Скорее всего, её корни — в северных или центральных областях Украины, а также в приграничных с Беларусью районах России. Носители фамилии — потомки человека, которого в быту звали Микшей, и чьи дети пошли по отцу, закрепив это прозвище как родовое имя.