Фамилия Микшев — редкий пример, где в основе лежит не имя, а, скорее всего, прозвище, и разобраться в её происхождении можно только через диалектную лексику. В отличие от большинства фамилий на -ов, образованных от полных крестильных имён, Микшев явно отсылает к слову «микша». В северных и сибирских говорах так называли вялого, медлительного или нерешительного человека. Есть и другое значение — «тихоня» или даже «плакса». Человек получил такое прозвище за характер, а его потомки стали Микшевыми.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Микши». Словообразовательная модель стандартная для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища на -а/-я давали суффикс -ев, а не -ин (сравните: Микша — Микшев, но Фома — Фомин). Исключение подтверждает правило: если бы основой было имя Микей (от Никита), мы бы получили Микеев, а не Микшев. Так что корень здесь именно прозвищный, а не календарный.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России и Приуралью. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Микша в Вятском и Пермском краях. Позже фамилия закрепилась в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях — регионах, где диалектное слово «микша» было в ходу. В центральных и южных областях она почти не встречается, что косвенно подтверждает локальное происхождение.

С точки зрения социального статуса предки Микшевых — скорее всего, черносошные крестьяне или посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в родословных книгах она не значится. Это не умаляет её ценности: фамилия сохранила пласт живой народной речи, который в письменных источниках почти не отразился.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от финно-угорского корня, например, от коми-пермяцкого слова «мик» — «кроткий, смирный». Но поскольку та же лексика есть в русских северных говорах, а фамилия оформлена по русской модели, версия с заимствованием излишня. Проще объяснить её русским прозвищем, тем более что однокоренные фамилии — Микшин, Микшов — встречаются в тех же регионах и подтверждают ту же основу.