Фамилия Микштина образована от женского прозвища или имени Микшта, а та основа, скорее всего, восходит к имени Никита. Механизм прост: в русских говорах, особенно в южнорусских и белорусских, начальное «н» в некоторых именах отпадало или заменялось на «м» под влиянием местного произношения. Никита превращался в Микиту, а затем в Микшу — через типичную для разговорной речи замену «и» на «ш» (ср. Саша из Александра, Паша из Павла). Суффикс «-та» добавлялся как ласкательный, так что Микшта — это «маленький Микита» или просто домашнее обращение.

Фамилия стоит в женской форме (Микштина), что указывает на то, что в основе лежит имя или прозвище женщины. В русской традиции такие фамилии часто давали по матери, если она была вдовой или играла главную роль в семье. Это редкий случай, когда фамилия не перешла в мужской вариант (Микштин), а закрепилась в исходном виде. Географически фамилия встречается в основном в западных регионах России, в частности в Брянской и Смоленской областях, где подобные фонетические переходы особенно характерны. Предки носительницы фамилии могли быть крестьянами или мещанами, а само прозвище Микшта — бытовым, без сословной привязки.

Альтернативная, но менее вероятная версия связывает фамилию с литовским или польским корнем «mikšt-» (мягкий, кроткий), что могло бы указывать на характер человека. Однако для русской среды это звучит натянуто: проще предположить, что Микштина — это вариант от Никиты, чем искать редкие заимствования. Спорных гипотез здесь нет, так как основная версия объясняет и форму, и типичное для региона звучание.