Фамилия Микша — это краткая, почти «домашняя» форма, которая закрепилась в документах. Её основа — не профессия и не прозвище по характеру, а личное имя. В большинстве случаев Микша — это производное от крестильного имени Михаил. В русской народной традиции имя Михаил давало целую россыпь сокращений: Миха, Миша, Мишка, а также Микша. Форма с корнем «Мик-» вместо «Мих-» возникла под влиянием южнославянских или западнорусских говоров, где «х» перед гласной могло переходить в «к» (сравните: «Михал» и польское «Michał»).

Вторая, менее распространённая версия выводит фамилию из канонического имени Никита. В бытовой речи Никиту могли звать Микита, а от него — Микша. Этот путь сложнее и встречается реже, но полностью исключать его нельзя, особенно если фамилия бытует на территориях, где имя Никита произносили с мягким «к» (украинское «Микита»).

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: основа Микш- и нулевой суффикс. Такие фамилии без патронимических суффиксов (-ов, -ин, -ский) в русской среде редки. Обычно их приносили переселенцы из Беларуси или Украины, где бессуффиксные фамилии на согласный — обычное дело: Коваль, Гарбуз, Микша. В центральной России носителя фамилии Микша скорее всего записали бы как Микшин или Микшов. Если же фамилия встречается в старых переписях русского севера или юга, это может указывать на то, что предок был выходцем из западных земель Речи Посполитой.

Социальный контекст фамилии — крестьянский и мещанский. Микша не дворянская фамилия, её не носили князья и бояре. В метрических книгах XIX века она встречается у государственных крестьян и однодворцев. Прозвище или имя Микша, по-видимому, было настолько привычным в быту, что закрепилось в качестве фамилии без всяких добавочных суффиксов — как есть, в «чистом» виде. Это придаёт фамилии оттенок простоты и прямоты: человека звали Микша, и так же записали его потомков.