Фамилия Микшакова — женская форма фамилии Микшаков, и её ключ к происхождению лежит в мужском прозвище Микшак. Основа здесь — древнерусское нецерковное имя Микша, которое, скорее всего, является краткой формой от крестильного имени Никита (через народное Микита). Усечение «Микша» вместо «Микита» — типичный пример экономии речи: отбросили начало и оставили корень, который звучал естественно для славянского уха. Суффикс «-ак» в прозвище Микшак выполнял усилительную или уменьшительно-ласкательную роль: так могли назвать младшего сына Микши или человека с ярко выраженной чертой, связанной с этим именем. В русских говорах суффикс «-ак» часто придавал прозвищу бытовой, даже чуть простонародный оттенок, поэтому Микшак — это не официальное имя, а домашнее или уличное прозвище.

Фамилии на «-ов» (Микшаков) в центральной России и Поволжье означали принадлежность: «чей?» — сын Микшака. Таким образом, Микшаковы — это потомки человека, которого в деревне звали Микшак. Географически фамилия редкая и встречается в основном в Поволжье — в Чувашии, Татарстане, Нижегородской области. Это не случайно: в этих краях имя Никита в народной форме Микита было очень распространено, и его производные (Микша, Микшак) давали устойчивые прозвища. Встречается также вариант написания Микшаков, но с ударением на второй слог (Микшаков) — в говорах с аканьем.

Сословно Микшаковы, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия почти не попадает в списки дворянства, что подтверждает её «низовое» происхождение. Единственная неочевидная версия — связь с диалектным словом «микша» (неуклюжий, мешковатый человек), но она слабее, потому что в ономастике имя Микша как производное от Никиты встречается гораздо чаще, чем нарицательное прозвище. Если ваши предки — Микшаковы, ищите их корни в приходских книгах сел на границе Нижегородской губернии и Чувашии: именно там эта фамилия держится плотнее всего.