Фамилия Микакова — женская форма от Микаков, а в её основе лежит крестильное или прозвищное имя. Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Микака). Но вот само имя Микак — редкое и неочевидное.

Скорее всего, Микак — это вариант канонического имени Никита в его народной, обиходной форме. В русских говорах имя Никита нередко сокращали и переделывали: Никитка, Микитка, Мика. От «Мики» с помощью уменьшительного суффикла -к- (как в «Ваня — Ванек») и возникло Микак. Тогда фамилия Микаков означает «потомок Микака», то есть Никиты. Эта версия самая правдоподобная, потому что опирается на известную диалектную традицию: замена начального «н» на «м» в личных именах (ср. Микола вместо Никола) встречалась в южнорусских и украинских говорах.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: основа могла быть прозвищной. В некоторых говорах «микать» означало «мямлить, говорить невнятно» или «медлить, колебаться». Тогда Микаком могли прозвать нерасторопного или неразборчивого в речи человека. Однако эта версия слабее — глагол «микать» редок и локально ограничен, а имя Никита было повсеместно распространено, так что антропонимическая версия надёжнее.

Географически фамилия Микакова (и Микаков) тяготеет к югу России и Украине, откуда родом и «микающие» говоры. Встречается она нечасто, что объяснимо: от полного имени Никита образовались массовые фамилии Никитин, Микитин, Микитов, а форма через суффикс -ак/-ак осталась на периферии. Носительница фамилии может быть потомком крестьянина или мещанина из Курской, Воронежской губерний или слобожанских земель, где такие диалектные варианты были в ходу.