Фамилия Микалова — женская форма, а её мужской вариант Микалов. В русской традиции такие фамилии обычно образуются от мужского имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Основа здесь — Микал. Это усечённая или просторечная форма крестильного имени Михаил. На Руси имя Михаил было одним из самых распространённых, и в быту оно часто сокращалось до Мика, Микал, Микей. Соответственно, Микал — это то, как в деревне или в городе могли звать человека по имени Михаил. Фамилия Микалов (и Микалова) буквально означает «сын (или дочь) Микала», то есть потомок Михаила.

Интересно, что суффикс -ов указывает на великорусскую модель формирования фамилий, характерную для центральных и северных областей России, а также для Поволжья. В южных и западных регионах чаще встречались бы формы вроде Микаленко или Микальчук. Поэтому носители фамилии Микалова с большой вероятностью имеют корни из центральной России или Поволжья, где имя Михаил в народной речи чаще редуцировалось до Микала.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых тюркских языках слово «микал» может быть вариантом имени Микаил (библейский архангел Михаил). В этом случае фамилия могла возникнуть у крещёных татар или башкир, но тогда она скорее имела бы окончание -ов, а не -ова в женской форме, что не меняет сути. Однако для русской ономастики первая версия — основная и самая логичная.

Таким образом, фамилия Микалова — это не редкое исключение, а типичный пример народной адаптации церковного имени. Ваш предок по мужской линии, скорее всего, был крестьянином или мещанином, которого в обиходе звали Микал, а его дети и внуки уже стали Микаловыми. Никакой загадки в происхождении нет — это просто память о том, что в роду был Михаил, которого домашние называли по-свойски.