Фамилия Микалин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, указывающего на отчество от имени отца, что сразу наводит на мысль: перед нами нестандартная модель образования. Скорее всего, это вариант фамилии Микалов, Микалев или Микальский, но с усечением или заменой суффикса.

Если отбросить конечное -ин, остаётся основа Микал-. Она восходит к крестильному имени Михаил в его народной, разговорной форме Микал. В старых говорах и документах встречаются варианты Микайло, Микала, Микал — особенно в южнорусских и украинских землях. Такое имя давали в честь архангела Михаила, одного из самых почитаемых святых. Значит, Микалин — это «сын Микала», то есть потомок человека, которого в обиходе звали не Михаилом, а именно Микалом.

Суффикс -ин в данном случае работает как притяжательный: «чей? — Микалин». Такая модель типична для русских фамилий, но обычно она присоединяется к основе, оканчивающейся на -а или -я (Миха → Мишин, Кузьма → Кузьмин). Здесь же основа Микал — мужского рода, что необычно. Возможно, фамилия образована от женского прозвища Микала (по материнской линии) или от имени Микала, которое в некоторых диалектах воспринималось как женское. Но более вероятно, что мы имеем дело с поздним переоформлением фамилии: первоначально она могла звучать как Микалов, а потом под влиянием местных говоров или при переписи превратилась в Микалин.

Географически фамилия встречается редко, в основном в центральных областях России и на юге. Встречается и у белорусов, где форма Микал также была распространена. В польском языке есть аналогичная фамилия Mikkalin, но она может быть связана с топонимом Микалино (деревня в Польше).

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для редких крестьянских или мещанских фамилий, не попавших в дворянские родословные книги. Если ваши предки носили эту фамилию, они могли быть выходцами из среды, где имя Михаил произносили на местный лад — с ударением на второй слог и редуцированной конечной гласной.