Фамилия Микалюкин — редкий случай, когда суффикс -ин крепится не к типичной основе на -а/-я, а к форме, которая сама уже является производной. Это сразу указывает на то, что перед нами не прямая патронимическая модель от крестильного имени (как, скажем, Иванов или Петров), а более сложная цепочка: от имени через уменьшительную форму.

В основе фамилии лежит каноническое имя Михаил. Его народные, обиходные варианты — Микала, Микалюк, Микаля. Форма Микалюка (или Микалюк) — это белорусское или украинское производное с суффиксом -юк-, характерным для западнорусских земель. Суффикс -ин в фамилии Микалюкин указывает на принадлежность: «чей?» — «Микалюкин», то есть сын или потомок Микалюки. Таким образом, фамилия образована по схеме: Михаил → Микалюк (уменьшительное) → Микалюкин.

Географически фамилия тяготеет к западу России, к границе с Беларусью и Украиной. Встречается она нечасто, и это позволяет предположить, что предки носителей фамилии жили в зоне смешения языков и диалектов, где имя Михаил превращалось в Микалу, а затем — в Микалюка. В писцовых книгах и ревизских сказках XIX века такую фамилию могли записать и как Микалюков (с суффиксом -ов), но форма на -ин закрепилась, вероятно, из-за того, что основа оканчивалась на -а.

С точки зрения социального происхождения, Микалюкины — скорее всего, крестьянский или мещанский род. Фамилии на -ин в этой среде были обычны, а вот редкая основа выдает локальную, «домашнюю» традицию именования, не затронутую книжной нормой. Никакого особого прозвища или ремесла за фамилией не стоит — только имя предка, которое в быту звучало по-своему.