Фамилия Макалюкин — редкий пример, когда в основе лежит не каноническое имя, а его народная, разговорная форма. В её центре — имя Макалюка, которое, скорее всего, является уменьшительно-ласкательным или просторечным вариантом от крестильного имени Макарий. В русской традиции имя Макарий (от греческого «макариос» — блаженный, счастливый) давало множество производных: Макар, Макаша, Маканя, а также Макалюка. Последняя форма с суффиксом -юк- характерна для южнорусских и украинских говоров, где такой суффикс придаёт имени оттенок ласкательности или, наоборот, фамильярности.

Модель образования фамилии стандартна для русской ономастики: к основе Макалюк- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Макалюкин, то есть сын Макалюки). Это типичная «фамилия-отчество», которая закрепилась за потомками человека по прозвищу или домашнему имени Макалюка. В отличие от фамилий на -ов (Макаров), форма на -ин чаще встречалась в северных и центральных областях России, но в случае с «южным» корнем Макалюк- она могла возникнуть и в регионах смешения говоров, например, на территории бывшего Дикого поля или в среде переселенцев.

Версия о связи фамилии с диалектным словом «макалюка» (в некоторых говорах — нечто мокрое, размокшее, или, по другим данным, неуклюжий человек) менее вероятна. Слово это редкое и локальное, в то время как имя Макарий было повсеместно распространено. К тому же, фамилии от прозвищ с негативной окраской обычно имеют более прозрачную мотивировку, а здесь мы видим чёткую словообразовательную цепочку от личного имени.

Таким образом, предок носителя фамилии Макалюкин — человек, которого в быту звали Макалюкой. Это мог быть крестьянин, ремесленник или служилый человек, но социальный статус здесь не зашифрован: фамилия говорит лишь о том, что в его семье было принято ласковое или сокращённое обращение по имени, что само по себе — обычная практика для русской деревни до XIX века. Фамилия нечастая, но встречается в основном в регионах, граничащих с Украиной, и в Поволжье, что подтверждает её южнорусские корни.