Фамилия Макалюкина — женская форма фамилии Макалюкин. Её разбор стоит начать не с корня, а с суффиксальной модели, которая сразу указывает на географию и бытовую историю. Суффикс -ин (в мужском варианте -ин, в женском -ина) в русских фамилиях традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я. Это типично для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге. Макалюкин — не исключение: он образован от прозвища или имени Макалюка.

Основа Макалюк- — это, скорее всего, производная форма от канонического крестильного имени Макарий (в просторечии Макар). В русской народной среде имя Макар давало множество уменьшительных и уничижительных вариантов: Макаря, Макарушка, Макалка. Форма Макалюка — более редкая, с суффиксом -юк-, который в некоторых говорах (особенно на стыке севернорусских и среднерусских диалектов) придавал слову оттенок ласкательности или, наоборот, фамильярности. Таким образом, Макалюка — это «маленький Макар» или «Макар, которого зовут по-домашнему». Фамилия Макалюкин, стало быть, означает «чей-то сын» или «чей-то человек»: потомок Макалюки.

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «макать» (окунать) или «макалюк» — так в некоторых регионах называли неуклюжего, мокрого человека или того, кто постоянно «макает» что-то в воду (например, рыбака или мочальщика льна). Однако эта гипотеза слабее: прозвища от глагола «макать» обычно образовывались через суффикс -л- (Макала, Макалка), а форма на -юк для такого значения нетипична.

Фамилия редкая, не встречается среди дворянских родов и в старых боярских списках. Это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, закрепившаяся в XIX веке при массовой паспортизации. В современных справочниках носители Макалюкиных фиксируются в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Кировской областях, что подтверждает северное происхождение суффикса -ин. Написание с буквой «ю» (а не «у») — Макалюкин, а не Макалукин — указывает на мягкое произношение в говоре предков.