Фамилия Микалюнас — характерный пример литовской модели фамилии, которая резко отличается от русской по своему окончанию и способу образования. Если в русском языке фамилии на -ов, -ин указывают на принадлежность («чей?»), то литовский суффикс -унас (в мужском роде) выполняет ту же функцию, но с иным звучанием. Микалюнас буквально означает «Микалюсов» или «принадлежащий Микалюсу». Это отчество, застывшее в форме фамилии.

Основа здесь — личное имя Микалюс, которое является литовской формой христианского имени Михаил (в русской традиции — Михаил, в польской — Михал). Таким образом, предок носителя этой фамилии был сыном или потомком человека по имени Микалюс. Модель образования типична для литовских фамилий, особенно распространённых в северо-западных регионах Литвы и среди литовцев, живших на территории бывшей Речи Посполитой.

Супружеские и женские формы в этой системе чётко различаются: замужняя женщина будет Микалюнене, а незамужняя девушка — Микалюнайте. Сама фамилия Микалюнас — мужская, и в русскоязычной среде она обычно не склоняется, сохраняя литовское окончание. Встречаются и варианты написания с одной «л» — Микаюнас, но это скорее результат опечатки или адаптации в документах.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить как крестьяне, так и мелкая шляхта, если предок получил имя при крещении. В Литве фамилии с таким суффиксом фиксируются в метрических книгах с XVI–XVII веков, когда литовское население начало массово обзаводиться постоянными родовыми прозваниями. Микалюнас — не редкая фамилия, но и не массовая, она чётко указывает на литовские корни, а не на славянские.